Chi phí hoạt động chứng nhận hữu cơ gồm các khoản:

1. Chi phí test mẫu đất trồng, nước tưới, phân chuồng hoặc nguyên liệu

2. Chi phí đánh giá chuyển đổi đất, chi phí đánh giá chứng nhận, chi phí phân tích mẫu sản phẩm

Do đó chi phí chứng nhận hữu cơ phụ thuộc vào diện tích, số lượng sản phẩm cũng như số hộ thành viên tham gia sản xuất.