Giai đoạn chuyển đổi áp dụng trên một phần hoặc toàn bộ diện tích sản xuất phải ít nhất là:

- đối với cây hàng năm: 12 tháng cho đến khi gieo hạt hoặc trồng cây;

- đối với cây lâu năm: 18 tháng cho đến khi thu hoạch vụ đầu tiên.

Thời điểm bắt đầu chuyển đổi là ngày ghi nhận việc quản lý sản xuất hữu cơ trong hồ sơ hoặc ngày mà tổ chức chứng nhận chấp nhận đơn đăng ký.

Giai đoạn chuyển đổi có thể kéo dài trên cơ sở nhận diện và đánh giá các nguy cơ có liên quan. Cây trồng thu hoạch trong vòng 36 tháng sau khi sử dụng chất không nêu trong Phụ lục A đối với đất hoặc đối với cây trồng thì không được ghi nhãn liên quan đến hữu cơ.

Giai đoạn chuyển đổi có thể được rút ngắn nếu có bằng chứng về việc không sử dụng các chất cấm làm vật tư, nguyên liệu đầu vào hoặc không thực hiện các hoạt động bị cấm. Thời gian chuyển đổi sau khi rút ngắn không được ít hơn 6 tháng; riêng đối với đất nguyên sơ (không phải là rừng nguyên sinh) và đất hoang hóa, có thể bỏ qua giai đoạn chuyển đổi.

Nếu không chuyển đổi đồng thời toàn bộ cơ sở thì phải chia diện tích sản xuất thành từng khu vực nhỏ trong đó có sự tách biệt giữa khu vực trồng trọt hữu cơ với khu vực không sản xuất hữu cơ. Cơ sở có thể mở rộng dần phạm vi trồng trọt hữu cơ bằng cách áp dụng tiêu chuẩn này ngay từ khi bắt đầu việc chuyển đổi trên các diện tích thích hợp.